有機栽培で作られた農産物については、農林水産省がガイドラインを定めています。登録認定機関による検査に合格すると、生産者は生産物に有機JASマークという有機栽培生産物の証を貼ることが出来ます。この有機JASマークは有機栽培の証のマークであり、その商品が「有機」や「オーガニック」という言葉を使えるのはこのマークによる認定がなされているからです。有機JASは有機農産物だけでなく有機畜産物やされには有機加工食品についても定義しており、有機栽培については栽培中だけでなく栽培開始以前の農薬使用などについても規定されています。
有機栽培のメリットはなんといっても安全性です。効率的な大量生産と引き換えに自らを危険にさらしてきた農法に対し、状態を自然に近づけることで農薬などの危険性を排除しています。また、安全面のみならず有機栽培は栄養の面でも従来の農法で作られた農産物に比べ優れます。栄養価の差は２０％以上あるという報告もあります。このように非常にメリットの大きいように見れる有機栽培ですが、農業における進化をさかのぼりしているという部分では、生産性などについてデメリットは否めません。